تحرص جمعية رعاية الأيتام بمنطقة جازان على تطبيق معاير الحوكمة للمنظمات غير الربحية، ومن أهم تلك المعايير؛ معيار الإفصاح والشفافية.
حيث إنها تضمن عدم وجود أي علاقات فردية أو جماعية سواء قرابة أو ما شابه ذلك بين منسوبيها من الإدارة التنفيذية والإدارات العليا تتعارض مع مصالح العمل، كما أنها تحرص على عدم التعاقد مع جهات خارجية تحت إدارة أحد منسوبيها من أعضاء مجلس الإدارة والجمعية العمومية، وقد تم إشعار جميع منسوبي الجمعية، وأخذ إقرارهم بعدم وجود أي علاقات، تخالف قانون تعارض المصالح في الجمعية.